In allen Versionen des Quartus® II Software Qsys-Tools vor 12.0 exportiert der Intervall-Timer die Reset-Ausgabeschnittstelle nicht. Diese Schnittstelle wird vom watchdog Timer verwendet, um anzuzeigen, dass der Watchdog abgelaufen ist. Der Mangel an einer Reset-Ausgabe bedeutet, dass der Watchdog-Timer das Qsys-System nach Ablauf des Timers nicht zurücksetzen kann.
Dieses Problem wurde in Version 12.0 und neuer der Quartus II Software behoben.