In der RapidIO® MegaCore® IP-Funktion verfügt die Transportschicht über einen Puffer. Dieser Puffer dient hauptsächlich zur Speicherung aller eingehenden Pakete, während sie an eine der logischen Ebenen im Kern weitergeleitet werden (z. B. I/O-Avalon®-MM-Slave-Modul, I/O-Avalon-MM-Mastermodul, Avalon-ST-Schnittstelle). Außerdem verfügen weder die Transport-Ebene noch die Physical-Layer-Module über Mechanismen, die es Paketen ermöglichen, sich gegenseitig zu umgehen. Daher ist es möglich, dass, wenn ein Logischer Layer-Modul Pakete aus der Transport-Ebene nicht schnell genug leeren kann, was dazu führt, dass eines seiner Pakete im Transport-Layer-Modul zum Stillstand kommt, dann führen dies dazu, dass alle Pakete in der physischen Ebene gesichert sind, bis die Transport-Ebene ihr aktuelles Paket löschen kann. Wenn sich der Puffer in der physischen Ebene füllt, werden erneute Antworten für eingehende Pakete gemäß den in den Kerneinstellungen definierten Prioritätsschwellenwerten ausgegeben.
Beispielsweise gibt es eine Speicherkomponente, die mit dem I/O-Avalon-MM-Mastermodul verbunden ist, das sehr langsame Zugriffszeiten hat, oder aufgrund eines Schiedsverfahrens hat das I/O-Avalon-MM-Mastermodul eine Warteanforderung von der System-Interconnect-Fabric erhalten, bis ein anderer Avalon-MM-Master seine Transaktion mit einer gemeinsamen Komponente abschließt. Infolgedessen hat das I/O-Avalon-MM-Mastermodul seine Grenzen der Anzahl der gleichzeitigen Anforderungen erreicht, die es verarbeiten und daher keine weiteren Anforderungspakete erhalten kann. Wenn das nächste Paket eine andere Anfrage ist, die auf das I/O-Avalon-MM-Mastermodul ausgerichtet ist, wird es in der Transport-Ebene zum Stillstand kommen. Wenn danach ein anderes Paket, das auf die Avalon-ST-Pass-Through-Schnittstelle ausgerichtet ist, empfangen wird, muss dieses Paket im Puffer der physischen Ebene bleiben, bis das Anforderungspaket in der Transport-Ebene geleert wird. Da der Physical-Layer-Puffer eine einzige First-in-, First-Out-Warteschlange für die Speicherung aller eingehenden Pakete verwendet, bleiben alle Pakete, die nach dem Paket auf die Avalon-ST Pass-Through-Schnittstelle abzielen, in der physischen Ebene, was dazu führt, dass sich die Warteschlange füllt.
Zu diesem Zeitpunkt bestimmen die Prioritätsschwellenwert-Kerneinstellungen in der physischen Ebene, ob neue Pakete in den Empfängerpuffer akzeptiert werden sollen oder erneute Wiederholungen vorgenommen werden müssen.