Es wurde ein Problem mit der Qsys-Generierung und dem Projektmanagement-Algorithmus identifiziert, was zu einer nicht-deterministischen Code-Generierung führt. Die HDL ist für jede ausgeführte Generation gültig, die Reihenfolge der Instanzen kann jedoch von Ausführung zu Ausführung variieren. Dieses Problem wurde in allen Versionen von Qsys 11.0 und 11.1 (mit und ohne ServicePacks) erkannt.
Dieses Problem wird in Version 12.0 von Qsys behoben.