Um dieses Problem zu umgehen, stellen Sie sicher, dass die Option Rapid Recompile deaktiviert ist.
(Zuweisungen > Einstellungen > inkrementelle Kompilierung)
In der Quartus II Software Version 13.1 und neuer wurde diese Option entfernt und durch einen separaten Befehl ersetzt, der diesen internen Fehler nicht verursacht.