Leistung, Skalierung und einfache Bereitstellung für Genomik-Forschung und Erkenntnisgewinnung.
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Intel® Select Solutions für die Genomanalyse: Basis- und erweiterte Konfiguration

Komponente

Intel® Select Solutions für die Genomanalyse: Basiskonfiguration
Intel® Select Solutions für die Genomanalyse: erweiterte Konfiguration

Anwendungsknoten

1 x Anwendungsknoten (in der Basiskonfiguration gleichzeitig der Rechenknoten)

1 x Anwendungsknoten

Plattform

1 x Intel® Server-Mainboard S2600WFT**

1 x Intel Server-Mainboard S2600WFT**

Prozessor

2 x Intel® Xeon® Gold-Prozessor 6152 (22 Kerne, 2,10 GHz), Intel® Xeon Gold-Prozessor 6252 (24 Kerne, 2,10 GHz) oder ein Modell der skalierbaren Intel® Xeon® Prozessorreihe mit höherer Prozessornummer

2 x Intel Xeon Gold-Prozessor 6136 (12 Kerne, 3,0 GHz), Intel Xeon Gold-Prozessor 6226 (12 Kerne, 2,70 GHz) oder ein Modell der skalierbaren Intel Xeon Prozessorreihe mit höherer Prozessornummer

Arbeitsspeicher

12 x 16 GB DDR4 mit 2666 MHz, 1DC (mind. 192 GB Gesamtkapazität)

12 x 16 GB DDR4 mit 2666 MHz, 1DC (mind. 192 GB Gesamtkapazität)

Host-Adapter

 

1 x Intel® Omni-Path-Host-Fabric-Interface-Adapter (Intel® OP-HFI-Adapter) 100HFA016LS, PCIe* x16

Rechenknoten

 

4 x Rechenknoten

Plattform

 

1 x Intel Server-Mainboard S2600WFT

Prozessor

 

2 x Intel® Xeon® Platin-Prozessor 8180 (28 Kerne, 2,50 GHz), Intel® Xeon® Platin-Prozessor 8280 (28 Kerne, 2,70 GHz) oder ein Modell der skalierbaren Intel Xeon Prozessorreihe mit höherer Prozessornummer

Arbeitsspeicher

 

12 x 16 GB DDR4 mit 2666 MHz, 1DC (mind. 192 GB Gesamtkapazität)

Lokaler Datenspeicher

2 x Intel® SSD DC S4510 mit 480 GB (gespiegelt)

2 x Intel SSD DC S4510 mit 480 GB (gespiegelt)

Datenspeicher

4 x Intel SSD DC P4600/P4610 mit 4 TB, PCIe, HHHL

4 x Intel SSD DC P4600/P4610 mit 4 TB, PCIe, HHHL

Datenspeicherkapazität

10 TB Speicherkapazität (mind.)

10 TB Speicherkapazität (mind.)

Host-Adapter

 

1 x Intel Omni-Path-Host-Fabric-Interface-Adapter 100HFA016LS, PCIe x16

Datennetzwerkadapter

 

Intel® Ethernet-Anschluss X722 mit Intel® Ethernet-Converged-Network-Anschluss X527-DA2/DA4
oder
Intel® 10-Gigabit-Ethernet-Converged-Network-Adapter X710

Host-Netzwerkadapter

 

Integrierte 1-Gigabit-Ethernet-Schnittstelle (GbE)

Netzwerkinfrastruktur

 

 

Datennetzwerk

 

1 x Intel Omni-Path-Edge-Switch mit 24 Ports, 100 Gigabit pro Sekunde (Gbit/s)

Management-Netzwerk

 

1 x 24-Port-Switch, 1 Gbit/s

Intel® Omni-Path-Architektur (Intel® OPA)

 

1 x Intel® Omni-Path-Edge-Switch (Intel® OP-Edge-Switch) der Produktreihe 100 oder besser

Lustre*-Storage-Infrastruktur**

 

 

Lustre MDS*

 

1 x Metadaten-Server (MDS)

Plattform

 

1 x Intel Server-Mainboard S2600WFT**

Prozessor

 

Intel Xeon Gold-Prozessor 6152 (12 Kerne, 3,0 GHz), Intel Xeon Gold-Prozessor 6226 (12 Kerne, 2,80 GHz) oder ein Modell der skalierbaren Intel Xeon Prozessorreihe mit höherer Prozessornummer

Arbeitsspeicher

 

Mind. 192 GB (12 x 16 GB DDR4-2666)

Laufwerke

 

2 x Intel SSD DC S3520 mit 480 GB (gespiegeltes Betriebssystem)

Host-Adapter

 

1 x Intel® RAID-Controller RS3SC008 (12 Gbit/s), JBOD-Modus;

1 x Intel Omni-Path-Host-Fabric-Interface-Adapter 100HFA016LS, PCIe x16

Lustre OSS

 

2 x Objektspeicherserver (Object Storage Server, OSS)

Plattform

 

1 x Intel Server-Mainboard S2600WFT**

Prozessor

 

Intel Xeon Gold-Prozessor 6136 (12 Kerne, 3,0 GHz), Intel Xeon Gold-Prozessor 6226 (12 Kerne, 2,80 GHz) oder ein Modell der skalierbaren Intel Xeon Prozessorreihe mit höherer Prozessornummer

Arbeitsspeicher

 

Mind. 192 GB (12 x 16 GB DDR4-2666)

Laufwerke

 

2 x Intel SSD DC S3520 mit 480 GB (gespiegeltes Betriebssystem)

Host-Adapter

 

1 x Intel RAID-Controller RS3SC008 (12 Gbit/s), JBOD-Modus;

1 x Intel Omni-Path-Host-Fabric-Interface-Adapter 100HFA016LS, PCIe x16

 Lustre OST

 

Objektspeicherziel (Object Storage Target, OST)

JBOD

 

1 x JBOD-Gehäuse

Laufwerke

 

Kapazität 6 – 10 TB

Lustre MDT

 

Metadatenziel (Metadata Target, MDT)

JBOD

 

Intel® Storage-System JBOD2224S2DP, 2 HE, zwei Ports**

SAS-SSDs

 

4 x HGST*-SAS-SSD mit 400 GB

Software

GATK*-, BWA- und GATK-Workflows, optimiert für Intel® Technik

Optimiert für Cromwell-Workflow

Intel® GKL mit optimierten Routinen für die Beschleunigung von Programmcode

GenomicsDB*, speziell für umfangreiche Variantenanalysen konzipiert

HTCondor*- oder Slurm*-Auftragsplaner für geclusterte Analyseaufgaben

Docker*, um mehrere Jobs in isolierten Containern über einen Cluster hinweg auszuführen

Apache Spark* für die Verarbeitung von Big-Data-Analysen

Lustre, das Open-Source-Paralleldateisystem für HPC-Storage

GATK-, BWA- und GATK-Workflows, optimiert für Intel Technik

Optimiert für Cromwell-Workflow

Intel GKL mit optimierten Routinen für die Beschleunigung von Programmcode

GenomicsDB, speziell für umfangreiche Variantenanalysen konzipiert

HTCondor- oder Slurm-Auftragsplaner für geclusterte Analyseaufgaben

Docker, um mehrere Jobs in isolierten Containern über einen Cluster hinweg auszuführen

Apache Spark für die Verarbeitung von Big-Data-Analysen

Lustre, das Open-Source-Paralleldateisystem für HPC-Storage

Firmware- und Software-Optimierungen**

Intel® Advanced Vector Extensions 512 (Intel® AVX-512)

Linux*-Governor für Taktfrequenz – „Performance“-Modus

Intel® Hyper-Threading-Technik (Intel® HT-Technik) – deaktiviert

Energieverbrauch und Leistung der CPU – ausgewogene Leistung

Workload-Konfiguration – ausgewogen

C-State für Package – C6 (Retention)

C6 für Prozessor – aktiviert

Hardware-P-States – nativ

Hardware-PM-Interrupt – deaktiviert

Erweiterte Intel SpeedStep® Technik – aktiviert

Intel® Turbo-Boost-Technik – aktiviert

„Energy-Efficient Turbo“ (EET) – aktiviert

Intel AVX-512

Taktfrequenz-Governor in Linux – „Performance“-Modus

Intel HT-Technik – deaktiviert

Energieverbrauch und Leistung der CPU – ausgewogene Leistung

Workload-Konfiguration – ausgewogen

C-State für Package – C6 (Retention)

C6 für Prozessor – aktiviert

Hardware-P-States – nativ

Hardware-PM-Interrupt – deaktiviert

Erweiterte Intel SpeedStep Technik – aktiviert

Intel Turbo-Boost-Technik – aktiviert

„Energy-Efficient Turbo“ (EET) – aktiviert