Burrows-Wheeler Aligner* (BWA*)

A popular software package for mapping low-divergent sequences against a large-reference genome, such as the human genome.

BWA-ALN* 0.5.10

The BWA* project focused on how running the optimized code on an Intel® Xeon® processor and adding an Intel® Xeon Phi™ coprocessor improves modular performance1 and supports symmetric running models on hybrid Intel® Xeon® processors and Intel® Xeon Phi™ coprocessor nodes.

Performance Results

The Intel® Xeon® processor E5-2697 v2 and the Intel® Xeon Phi™ coprocessor symmetric process demonstrated up to 1.86X improved performance over the baseline Intel Xeon processor E5-2697 v2.

Workload is korean_female (read file 3.5 GB, 3.0 GB reference data base).

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Reproduce these results with this optimization recipe ›

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The Removing Load Imbalance in Burrows-Wheeler Sequence Alignment* (BWA-ALN* 0.7.5) white paper focuses on how the use of tools such as Pintools, Intel® VTune™, and Intel® Cilk™ assisted in the optimization of BWA-ALN 0.7.5a. With minimal programming effort, load imbalances were removed and scaling improved, achieving up to a 2X performance improvement.

Read the white paper

Configuration Table

System Overview Intel® Xeon® Processor E5-2697 v2 with Intel® Xeon Phi™ Coprocessor 7120A
Platform Intel® R2208GZ4GC Platform, 2U chassis, hot-swap drives, 24 DIMMs, 1 750W redundant power supply
CPU/Stepping Intel® Xeon® processor E5-2697 v2, 2.7 GHz, 12 core, 8 GT/s dual Intel® QuickPath Interconnect (Intel® QPI) links, 130W, 3.5 GHz max turbo frequency, 768 kB instr L1 / 3072 kB L2 / 30 MB L3 cache
Coprocessor Intel® Xeon Phi™ coprocessor 7110 and 7120; 61 cores, 1.1 and 1.238 GHz, error-correcting code (ECC) enabled, Intel® Turbo Boost Technology disabled
Software Details Intel® Manycore Platform Software Stack (Intel® MPSS) version - 2.1.6720-13/16/19, Flash* version - 2.1.03.0386
Memory Hynix HMT31GR7BFR-PB*, 64 GB total 8*8 GB 1600 MHZ Reg ECC DDR3
Chipset Rev 4.6, SE5C600.86B.99.99.x069.071520130923
BIOS Configuration Default except: Intel® Turbo Boost Technology enabled, Enhanced Intel SpeedStep® Technology enabled, surface-mount technology (SMT) enabled, non-uniform memory access (NUMA) enabled, memory speed 1600 MHz, Note: all prefetchers enabled (this is default)
GigE Node Adapter Intel® Ethernet Controller I350 (rev 01), 4 Gigabit network connections, only one connection in use
IB Switch 36-port switch/rack Mellanox FDR* (model MSX6025F-1BFR), Firmware version: 9_2_4002
IB Adapters 36-port switch/rack Mellanox FDR* (model MSX6025F-1BFR), Firmware version: 9_2_4002
HDD Specs Seagate ST9600205SS* (scsi), 1x600 GB SAS HDD 10kRPM
Operating System Red Hat Enterprise Linux* 6.4

Produkt- und Leistungsinformationen

1

Die Benchmark-Ergebnisse wurden vor der Implementierung der neuesten Software-Patches und Firmware-Updates, die als Gegenmaßnahmen für die als „Spectre“ und „Meltdown“ bezeichneten Exploits bereitgestellt wurden, ermittelt. Die Implementierung dieser Updates kann dazu führen, dass diese Ergebnisse auf Ihr Gerät oder System nicht zutreffen.

In Leistungstests verwendete Software und Workloads können speziell für die Leistungseigenschaften von Intel® Mikroprozessoren optimiert worden sein. Leistungstests wie SYSmark* und MobileMark* werden mit spezifischen Computersystemen, Komponenten, Softwareprogrammen, Operationen und Funktionen durchgeführt. Jede Veränderung bei einem dieser Faktoren kann abweichende Ergebnisse zur Folge haben. Als Unterstützung für eine umfassende Bewertung Ihrer vorgesehenen Anschaffung, auch im Hinblick auf die Leistung des betreffenden Produkts in Verbindung mit anderen Produkten, sollten Sie noch andere Informationen und Leistungstests heranziehen. Ausführlichere Informationen finden Sie unter http://www.intel.com/benchmarks.